强直性脊柱炎的病因尚不清楚，但基因和遗传是一个肯定的因素。科学家们已经发现在90%的患者中发现了一种基因，叫HLA-B27。它是对男孩免疫系统起重要作用的基因家族中的一员。（免疫系统帮助人们抵御外界感染）

    但是，有HLA-B27基因并不意味着您就一定会得强直性脊柱炎。近2－8%的健康人也携带这种基因。实际上，一个携带有HLA-B27基因的人，如果他的亲属中没有人患有强直性脊柱炎，那么他本人患强直性脊柱炎的可能性只有2%。对于父母或兄弟姐妹患有强直性脊柱炎而本人又带有HLA-B27基因的人，患病的机率也只有20%。所以，除了HLA-B27基因还有别的因素导致了强直性脊柱炎的发生。

   近来的研究关注在可能影响强直性脊柱炎的几种细菌上，但尚未发现明确的特异性的感染病原体。