自从雷公藤临床应用于治疗类风湿性关节炎以来，在一些病人中产生了一定的效果，目前对它的研究也越来越多。雷公藤在产生临床疗效的同时，也产生了一些副作用，常见的副作用有：
 　　(1)生殖系统：育龄妇女服用雷公藤后可出现月经紊乱，甚至闭经。这是由于雷公藤能抑制雌激素和孕激素的分泌而引起，停药后往往要经过半年以上才能逐渐恢复正常，这对于有生育要求的妇女是不利的。雷公藤还能使男性睾丸的精子生成受阻，影响精子的发育。另外，在哺乳期妇女服用雷公藤后能通过乳汁影响婴儿，故亦应禁忌使用。同样孕妇也不能用。因此，对于青年男女病人应用此药要慎重，一般用药时间不宜过长，药量不宜过大。建议55岁以下患者应慎用此药。
 　　(2)消化系统：口服雷公藤能刺激胃粘膜，引起恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状，还可以引起肝脏损伤，AL丁升高，多数病人在治疗过程中能自行缓解，个别不能耐受的应停药。
 　　(3)皮肤粘膜：约40％的病人服用雷公藤后可出现皮肤色素沉着、皮疹和口腔溃疡，停药后可逐步好转。
 　　(4)其他：如白细胞减少、影响肝肾功能等，还可出现心律失常，但发生率较低。